...
            if (message.isMimeType("multipart/*")) {
                Multipart context = (Multipart) content;
                int count = context.getCount();
                for (int i = 0; i < count; i++) {
                    // sub mailMessage mapping
                    Part part = ((Multipart) content).getBodyPart(i);
                    ...
                    readFile(submm, part);
                    mm.addMailmessage(submm);
                }
            }
            ...

    private void readFile(MailMessage submm, Part p) throws MessagingException, IOException {
        String filename = p.getFileName();
        File file = null;
        if (filename != null) {
            InputStream in = p.getInputStream();
          FileOutputStream fout = new FileOutputStream(new File(filename));
          int c = in.read();
          while (c != -1) {
              fout.write(c);
              c = in.read();
          }
          fout.close();
          in.close();
        }
        submm.setFilename(filename);
    }

파일럿 삼아서 대강 작성한 코드입니다. 저런 코드를 그대로 쓰시면 안되겠죠. 첨부파일을 inputStream으로 읽어서 특정 폴더로 다시 FileOutputStream으로 복사해주는 코드가 필요하네요.