좋은 링크를 발견해서 그대로 따라 했더니 잘 됐습니다.
http://news.softpedia.com/news/How-to-Install-Java-in-Fedora-Core-6-39724.shtml
학교 인터넷이 느린건지 접속이 상당히 느리네요.

1. 설치할 jdk(or jre) 다운로드
rpm 버전이 아니라 그냥 self-extracting 파일입니다.
사용자 삽입 이미지
2. 설치할 폴더로 파일 이동
mv jdk-6u1-linux-i586.bin /opt

3. 설치할 폴더로 이동하여 권한 설정을 변경합니다.
cd /opt
chmod +x jdk-6u1-linux-i586.bin

4. 설치합니다.
./jdk jdk-6u1-linux-i586.bin

5. 다운 받은 파일 제거 합니다.
rm -rf jdk-6u1-linux-i586.bin

6. 파이어폭스의 플러그인에서 사용하는 java의 링크를 변경합니다.
ln -s /opt/jdk1.6.0_01/jre/plugin/i386/ns7/libjavaplugin_oji.so /usr/local/firefox/plugins/libjavaplugin_oji.so
자세한 경로는 저와 다를 수 있습니다. 각각 자바 설치 폴더와 파이어폭스 설치 폴더로 변경해 주시면 됩니다.

7. 패스 설정
vi /etc/profile.d/java.sh
편집기 열고 다음과 같이 패스를 넣어 줍니다.
export J2RE_HOME=/opt/jdk1.6.0_01/jre
export PATH=$J2RE_HOME/bin:$PATH

8. 위에서 만든 파일을 사용하도록 합니다.
source /etc/profile.d/java.sh

9. 패스 설정 확인
which java
명령으로 방금 설치한 java 디렉토리가 나오는지 확인합니다.

10. 시스템에서 사용할 java 변경
/usr/sbin/alternatives --install /usr/bin/java java /opt/jdk1.6.0_01/jre/bin/java 2
/usr/sbin/alternatives --config java
마지막 줄에서 선택 가능한 java가 두 개 나올 것 입니다. 이 때 2 를 입력합니다.

11. 변경 됐는지 확인
/usr/sbin/alternatives --display java

12. 마지막으로 자바 버전 확인
java -version[footnote]6.0 이전에는 --version 이였는데 6.0부터는 짝대기 하나가 빠졌습니다.[/footnote]